El pasado remoto de la villa de Jorquera sólo podemos conocerlo a través de su arqueología, es decir, de la interpretación de los vestigios dejados por las gentes que pasaron por sus tierras.
En la Prehistoria, las estrecha, angosta y serpenteante ribera de río Júcar fue un lugar predilecto para el asentamiento humano como manifiestan los vestigios hallados. Su presencia se da, al menos, desde el Neolítico, como prueban las hachas pulimentadas encontradas en Alcozarejos, cultura que debió extenderse ya por toda la ribera del río.
Con la Romanización, la ribera jorquerana se pobló mucho más. De este período son los "Villares” donde se observan gruesos cimientos de construcciones antiquísimas, y probablemente “La Asomá”, como señala la tradición. En el mismo período se construyen también puentes para cruzar el Júcar, como el llamado Puente Viejo o Puente de la Villa (destruido en la riada de octubre de 1982), un ramal secundario en la vía Hercúlea, que desde la Meseta se dirigía hacia Saltici o Bélgida (que es Chinchilla). Más abajo del río, en la desembocadura de la cañada de Abengibre se encuentra el paraje conocido como las Carriladas, en el probable camino que iba desde Jorquera al “Cerro Pelao”, donde se encuentra un importante cementerio tardorromano y altomedieval. A este cementerio se ascendía desde el río por medio de una escalera labrada en la misma roca del peñasco, que un desprendimiento destruyó en casi su totalidad, conservándose sólo algunos peldaños. Arriba en la meseta de terrazas longitudinales se han encontrado notables vestigios de estelas funerarias depositadas en el Museo Arqueológico Provincial y numerosos sillares labrados.
De la invasión musulmana se conservan algunos testimonios materiales como las murallas almohades del castillo, tal vez el sistema de regadíos extendido en las huertas formadas en ambos márgenes del río.
A ellos se atribuye el “Caño”, acueducto excavado en la roca, que atraviesa el cueto donde se asienta el pueblo por la parte más estrecha para conducir las aguas desde la acequia de la ribera del río a las acequias de la cañada. Durante la dominación musulmana, el castillo de Jorquera pudo ser el centro administrativo de la comarca de Al-Axarach, que según Pretel Marín, se extendía por estas tierras.
Las primeras noticias de presencia cristiana en estas tierras durante la Reconquista son muy pocas. La primera Crónica General de España narra la batalla que el Cid tuvo con Yusuf en tierras valencianas y la persecución posterior que el mismo D. Rodrigo Díaz de Vivar hizo del rey moro cuando huía hasta el castillo musulmán de Jorquera donde se refugió:
“… Et yendo en alcançe, alanço al rey Iunes, et feriol tres uezes; mas el moro estaua muy armado et el caballo del Cid sallio mas adelante; et quando el torno, el caballero yua luenne, et nol pudo alcanzar; et metiosse en vn castiello que auie nonbre Xurquera; et fasta alli duro el alcace…”
La Reconquista de Jorquera y de toda la ribera del Júcar no se realizó hasta principios del siglo XIII, y después de diversos intentos, en el reinado de Alfonso VIII. La misma crónica referida antes, recoge también la primera campaña de conquista y los acontecimientos desarrollados en ella.
Cuando se anexiona Murcia, las tierras son repartidas entre los conquistadores. Jorquera, con otros tres castillos más, fueron entregados a D. Pedro Núñez de Guzmán, pariente de la amante del rey, en régimen de tenencia.
La integración en el Señorío de Villena se realiza cuando el infante don Sancho disputaba la Corona de Castilla a sus sobrinos, los hijos del infante de la Cerda, y entregaba Jorquera a D. Manuel con otras villas comarcanas de la Mancha de Montaragón, por la ayuda que esperaba recibir de su tío en la contienda civil en la sucesión a Alfonso X. A partir de ahora la villa de Jorquera y las aldeas de su alfoz, se repueblan y asientan la población que llegaba. Y es muy probable que en la segunda mitad de esta centuria pasara a ser ya una de las comunidades más importantes de esta comarca donde se inscribía.
Después de la muerte de D. Juan Manuel y de sus hijos, Jorquera siguió el destino del resto del Señorío, pasando a la Corona unas veces, siendo patrimonio de la dote de los infantes castellanos otras y volviendo al régimen señorial con D. Alfonso de Aragón en la segunda mitad del siglo XIV, y a mediados del siglo XV con los Pacheco, con los que se vio involucrada en la sangrienta revuelta antiseñorial de esta circunscripción.
Al final de la contienda civil, la villa fue entregada por orden de los monarcas al Marqués de Villena en 1480. De esta forma el Marqués organizó una circunscripción administrativa señorial, el Corregimiento del “Estado Jorquera”, con capitalidad en esta villa, donde residía el Alcalde Mayor o Corregidor Señorial. Dicho Estado comprendía los municipios de Abengibre, Alatoz, Alborea, Casas-Ibáñez, Cenizate, Fuentealbilla, Golosalvo, Mahora, Motilleja, Navas de Jorquera, Pozo-Lorente, Valdeganga, Villamalea, Casas de Juan Núñez, Casas de Ves,, Villavaliente, Alcalá del Júcar, La Recueja, Campoalbillo, Bormate, Cubas, Calzada de Vergara, Alcozarejos y Maldonado.
En el siglo XIX, el territorio del Estado de Jorquera, y en particular los puentes del río parecen jugar un papel en el desarrollo local de la Guerra de la Independencia, frenando el paso de los ejércitos napoleónicos por estas tierras. En este acontecimiento se distinguió el Corregidor Mateo Tomás Alarcón y Avellán, natural del pueblo, que después sería Comandante de la Partida de Voluntarios Realistas acantonada en la villa de Jorquera.
A finales del siglo XIX, después de varios titubeos, Jorquera, que gracias a su estratégico enclave geográfico, fue la capital de esta extensa jurisdicción, la perdió en 1874 a favor de uno de los núcleos del Estado de Jorquera, el municipio de Casas-Ibáñez.